Protilietadlovej raketovej brigády (plrb) Nitra sa začína písať v rokoch druhej svetovej vojny 1. novembra 1940, kedy bol československou vládou v Londýne vytvorený 11. československý peší prápor v Palestíne. Táto jednotka pod velením podplukovníka Karla Klapálka plnila bojové úlohy československej vojenskej skupiny na Strednom východe, kde sa najviac preslávila v bojoch pri meste Tobruk. Potom bol prápor presunutý do prístavného mesta Haifa a následne bol zreorganizovaný na 200. československý ľahký protilietadlový pluk – Východný. Po skončení bojov v Severnej Afrike bol pluk premiestnený do Európy, kde bol prezborojený a reorganizovaný na československú obrnenú brigádu. Svoju bojovú činnosť v 2. svetovej vojne zakončila brigáda bojom pri francúzskom prístavnom meste Dunquerke.

Ďalším historickým medzníkom bolo zriadenie 11. protilietadlového oddielu (plo) Praha – Pohořelec dňa 17. novembra 1950, potom bol v júli 1957 redislokovaný do Stříbra. Rozkazom ministra národnej obrany z apríla 1969 bol 11. plo zreorganizovaný na 11. protilietadlový raketový pluk (plrp). Od svojho vzniku bol útvar niekoľkokrát prezbrojený bojovou technikou protilietadlových guľometov kalibru 12,7 mm na protilietadlové dvojkanóny 30 mm PLDvK a protilietadlové kanóny kalibru 57 mm až na kaliber 80 mm. V rokoch 1979 až 1980 bol pluk vybavený novým protilietadlovým raketovým kompletom 2K12 - KUB.

V roku 1990 bola dekrétom prezidenta ČSFR prepožičaná bojová zástava 11. protilietadlovému raketovému pluku a o rok neskôr mal pluk pridelený čestný názov „TOBRUCKÝ “. V júli 1991 bol 11. plrp premiestnený do posádky Nitra a daný do podriadenosti 2. divízie Letectva a PVO Brno. V decembri roku 1991 bol 11. plrp premenovaný na 13. plrp a prešiel pod velenie 1. divízie Letectva a PVO vo Zvolene.

Rok po vzniku Slovenskej republiky prechádza pluk do podriadenosti 3. zboru Letectva a PVO vo Zvolene. V januári 1995 reorganizáciou 13. plrp vznikla 36. protilietadlová raketová brigáda, ktorej súčasťou sa stal protilietadlový raketový oddiel vyzbrojený najmodernejším protilietadlovým raketovým systémom S - 300 PMU. Posledná organizačná zmena sa uskutočnila 1. októbra 2002 , kedy do podriadenosti brigády prešla protilietadlová raketová skupina v Rožňave, ako posledná súčasť zrušenej 35. protilietadlovej raketovej brigády v Rožňave.